泛泛而談吧。
一是勘測，新建的水利工程（包括大壩、水閘、涵洞、倒虹吸、水電站、灌區等）一般情況下都是在自然環(huán)境非常惡劣的情況下，帶著(zhù)鉆機去取芯的條件非常惡劣，勘測會(huì )存在很大的難度。
二個(gè)是經(jīng)驗公式問(wèn)題，比如本人學(xué)的是結構，從事的是水利，不同于建筑等設計已經(jīng)非常成熟的圖集和范式，水利工程設計中存在大量的經(jīng)驗公式。這就意味著(zhù)，每個(gè)水利工程面對的環(huán)境不是定式，需要大量的試算、分析，以及，很多很多都是人的經(jīng)驗。
三是涉及的東西廣，專(zhuān)業(yè)多，舉個(gè)例子，一個(gè)大壩，從巖土到結構，從占地到移民，從金屬結構到電氣，從水保到環(huán)保等等等等，十幾個(gè)專(zhuān)業(yè)，而且各個(gè)專(zhuān)業(yè)下還細分的及其厲害，還是舉個(gè)例子，一個(gè)非常大的水利設計院，在電氣專(zhuān)業(yè)下還有電氣一期、二期，還有強電弱電，等等等等，這些不同專(zhuān)業(yè)很多時(shí)候甚至只是名字相似，都不互通的。
四是流程，水利工程一般是政府投資，從規劃、項目建議書(shū)、可行性研究報告、初步設計、施工圖設計沒(méi)個(gè)幾年準備工作是下不來(lái)的。
五是地方影響大，水利和別的東西不一樣，存在很大的地方影響。比如就算在流域規劃和綜合規劃里有這個(gè)項目，但一旦實(shí)施，比如你要建一個(gè)水庫，水庫的上下游你總得征求意見(jiàn)吧，淹沒(méi)影響區多大，水資源怎么分配，泄洪怎么辦。比如要整治河道，河道兩岸你需要征求意見(jiàn)吧，粗俗的說(shuō)，你家住在河這邊，你也不希望只加高對面河岸的堤防吧，更別說(shuō)建設蓄滯洪區了，那牽扯的范圍就更大了。最重要的是，這些地方影響不是房建等只是涉及經(jīng)濟問(wèn)題，很多是徹徹底底的民生問(wèn)題，可想協(xié)調難度有多大。
六是施工問(wèn)題，除去農村飲水工程、灌區續建配套與節水改造、小農水等等，水利工程一般情況下是大體積混凝土（碾壓混凝土重力壩），大土方量（土石壩），大型金屬結構（弧形閘門(mén)）等等，突出了一個(gè)技術(shù)難度高啊。
說(shuō)水利工程這些知乎大佬們就三峽，葛洲壩往上堆，那種級別起碼要和港珠澳大橋一個(gè)級別啊，好像水利除了大水庫大電站沒(méi)有別的似的。告訴你們農田水利，灌溉渠道，小型水庫，都是水利工程。葛洲壩級別的能設計的全國不超過(guò)10家設計院，三峽沒(méi)有10個(gè)設計院玩不轉。但是大部分水利工作者還是從事著(zhù)簡(jiǎn)簡(jiǎn)單單的普通水利工作，就是今天修個(gè)渠明天設計個(gè)閘門(mén)后天搞個(gè)樞紐，哪有那么高大上。還有人說(shuō)什么沒(méi)標準圖，對三峽事沒(méi)有，但是全國就修了一個(gè)啊，我們那嘎達，水井都打了100多個(gè)，圖紙還不都一樣。
人家港珠澳就不考慮水文了嗎？，比你修三峽難度小嗎？
各行都有高大上，各行都有矮矬粗，水利也一樣。為什么大家普遍認為水利難。
因為他不開(kāi)放啊，缺乏市場(chǎng)競爭啊，還有一點(diǎn)就是和地質(zhì)一樣，課本和一堆經(jīng)驗公式得背啊。
另外看工程質(zhì)量，向來(lái)水利最讓人不恥，最好的是公路，其次是鐵路，然后房建，市政。最最后就是水利啦
作為一個(gè)水利工作從業(yè)者，目前算是水利信息技術(shù)的從業(yè)者吧，我簡(jiǎn)單的回答一下。
第一，水利工程空間上的復雜性，它的建成要考慮天上的、地上的、水下（地下）的因素。天上的降雨要匯流入庫、要影響施工期的施工過(guò)程、要影響下閘蓄水、要影響安全度汛。地面上要解決工程施工占地、施工設施布置、施工期以后的復墾、施工各類(lèi)材料是否適合施工、質(zhì)量控制是否過(guò)關(guān)等等一系列的問(wèn)題。水下（地下）的那就是地下巖溶、建了工程后是不是能蓄得住水、非常復雜的地質(zhì)條件、水庫庫容過(guò)大的話(huà)，壩體的擋水穩定性、要預防幾級地震等一系列問(wèn)題。
第二、水利工程時(shí)間上的復雜性，它的建成要考慮全生命周期的話(huà)，包括規劃、設計、施工、運維、（也可以包括拆除），到從開(kāi)始勘察到施工結束少則數年，多則幾十年，有的時(shí)候工程上馬受制于工程本身的技術(shù)問(wèn)題，有的時(shí)候受制于資源稟賦，有的時(shí)候受制于宏觀(guān)政策，這么多年要做各個(gè)方面的論證問(wèn)題，經(jīng)濟論證、安全論證、社會(huì )效益論證等。
第三，水利工程協(xié)同上的復雜性，它的建成，會(huì )涉及到很多方，政府、建設甲方、設計、多家施工單位、監理等等，大家在一起工作，要按照必要的工作方式開(kāi)展協(xié)同工作。
第四，不能算是復雜性了，應該說(shuō)是水利工程的建設也在用信息化技術(shù)進(jìn)行改造提升，有技術(shù)的提升、有管理的提升，也都在往國家要求的智慧水利的方向努力，但是目前也都是盲人摸象階段，所以也存在著(zhù)一定的復雜性，結合復雜的水利工程開(kāi)展的信息化建設具備一定的復雜性。
個(gè)人表達能力有限，不善于寫(xiě)作，不善于總結，就個(gè)人從事水利工程設計工作十年以上的經(jīng)驗，說(shuō)一點(diǎn)吧。這十年里邊，我有五年就干了一個(gè)工程，幾乎沒(méi)干別的，就這一個(gè)工程。另外，我家屬，工作十年，老實(shí)說(shuō)，十年他總共就干了倆項目，第二個(gè)到現在未完。當然，這只能說(shuō)明水利工程的大，畢竟有些有人一輩子可能就干了一個(gè)三峽，不能說(shuō)明水利工程復雜。我要說(shuō)的一點(diǎn)其實(shí)是，這個(gè)世界上沒(méi)有任何一個(gè)水利工程一模一樣，或者具有80%的相似性。所有工民建，或者道橋或者其他工程都有標準圖集，而水利工程沒(méi)有一本標準圖集，每個(gè)工程都要個(gè)性化設計，這可能就是他的復雜所在吧。
來(lái)源：知乎、水利設計師茶樓